本人做的实验是从上游克隆基因到下游表达纯化。期间用到N种生物学软件分析。现在把这个过程的重要软件进行分析和详细讲解。以帮助克隆基因的同学分析和发表高水平论文。克隆未知基因的方法：RACE加生物信息学。这样的方法我们实验室每个基因都可以发表SCI论文一篇。影响因子大概也是2.0以上。1、RACE需要先设计引物。因为是未知基因，故需要比对多种（亲缘关系近）物种的此类氨基酸，使用clustral 进行比对。（注意是比对氨基酸，因为氨基酸比基因更具有高度的保守型。原因是氨基酸的摇摆性，不解释。）1) FASTA 格式序列文本FASTA是最为常用的序列格式，几乎所有序列分析软件都能识别这种格式的序列。比对之前先将所选的序列都粘贴在一个txt文本文件中，然后每条序列以>开头，后面可以接序列描述性语言，比如属名，种名等。然后换行粘贴序列，序列的最后用空格结束，这就是一个FASTA格式的序列了。需要注意的一点是每条序列的名字的前10个字符不要完全相同。编辑后的序列见下图：FASTA直接在NCBI上download就行。NCBI输入你基因名字，点击Nucleotide,然后从中选择大概10种生物的此类基因，点击send to 选择fasta 格式download，从而创造了一个文本文档（里面都是fasta格式）。2）安装clustral X (1.8)点击左边的clustal X图标，出现右边clustal X (1.8)的界面。点击file---load sequence-----导入上面下载的fasta格式，出现下面界面：