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四种不同方法提取人粪便细菌基因组脱氧核糖核酸的比较
王宁;王占黎;包艳;刘琦琦;高磊
【期刊名称】《包头医学院学报》【年(卷,期】2015(000007
【摘要】Objective:Tocomparetheextractioneffectofbacterialgenomicdeoxyribonucleicacid(DNAfromhumanfecesinfourdif‐ferentmethods.Methods:Fecesfrom30healthysubjectswascollectedforextractionofDNAinfourmethods,includingtheimprovedchloroformextractionmethod,themodifiedcetyltrimethylammoniumbromide(CTABmethod,theimprovedliquidnitrogenfreezingandthawingmethodandthefecesgenomicDNAkitmethod,withthetotalproductionandpurityanalyzedbymicroUVspectrophotome‐ter.AndselectingthepairsofprimerinV3region,thedifferenceofgenomicDNAextractionefficiencyfromhumanfecesindifferentwayswascompared,withpolymerasechainreaction(PCRamplificationofbacterialgenesequencesof16SrDNA.Results:TheDNAconcentrationintheimprovedchloroformextractionmethod,improvedCTAB,improvedliquidnitrogenfreezingandthawing,andthekitmethodwas91.05±58.35ng/μl,7.06±3.25ng/μl,784±69.13ng/μl,209.98±39.30ng/μl,respectively.Thedifferencebetweenanytwogroupsofallwasstatisticallysignificant(F=505.085,P<0.001.Conclusion:ThefecesgenomicDNAkitmethodissuperiortotheotherthreemethodsmentionedaboveinthepurityofthe
extractedgenomicDNA,PCRamplificationproductselectrophoresis,time-consumptionandsoon.Buttheadvantageoftheimprovedchloroformextractionmethod,improvedCTABmethod,andimprovedliquidnitrogenfreezingandthawingmethodunderthepremiseofmeetingtheconditionsofuseinlateperiodisthatextractioncostsarerelativelylow.%目的：比较四种方法提取人粪便细菌基因组DNA的效果。方法：收集30例健康受试者的粪便，采用改进的氯仿抽提法、改进的十六烷基三甲基溴化铵（cetyltrimethylammoniumbromide，CTAB）法、改进的液氮冻融法及粪便基因组脱氧核糖核酸（deoxyri‐bonucleicacid，DNA）试剂盒法提取DNA，通过微量紫外分光光度计对总产量和纯度进行分析。并选择V3区配对的引物，PCR扩增细菌16SrDNA基因序列，比较不同方法提取人粪便基因组DNA效率的差异。结果：采用改进的氯仿抽提法、改进的CTAB法、改进的液氮冻融法提取和粪便基因组DNA试剂盒法提取的DNA浓度分别为（91．05±58．35）ng／μL、（7．06±3．25）ng／μL、（784．00±69．13）ng／μL、（209．98±39．30）ng／μL，四组两两比较，差异具有统计学意义（P＜0．01）。结论：粪便基因组DNA试剂盒法在提取的基因组DNA纯度、PCR产物扩增电泳，耗时等方面均优于其他三种方法。但改进的氯仿抽提法、改进的CTAB法、改进的液氮冻融法的优点是满足后期使用条件的前提下，提取费用相对较低。【总页数】4页(P148-150,151【作者】王宁;王占黎;包艳;刘琦琦;高磊
【作者单位】包头医学院公共卫生学院，内蒙古包头014040;包头医学院公共卫生学院，内蒙古包头014040;包头医学院公共卫生学院，内蒙古包头014040;包
头医学院公共卫生学院，内蒙古包头014040;包头医学院公共卫生学院，内蒙古包头014040【正文语种】中文【相关文献】
1.小鼠粪便细菌基因组DNA提取方法比较[J],张杰;张晓鹏;李鹏高;赵志强2.不同方法提取阴道加德纳菌细菌基因组DNA的比较[J],姚虹;吕治;苏建荣3.不同粪便DNA提取试剂盒及样本储存时间对粪便人基因组DNA提取率的影响[J],王勇;邹秉杰;刘云龙;李思勤;周国华
4.QIAamp及Biomed粪便细菌基因组DNA提取试剂盒提取人肠道细菌基因组DNA质量的差异[J],宋美茹;姚萍;张跃新
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