Coancestry 软件的使用

这款软件还是比较好用的，只是得精通一些亲缘关系方面的科学术语。先从最简单的数据准备开始吧！

1、 与其它软件不同，该款软件不仅有file，而且还有project。什么意思呢？就是说如果要分析一个项目，不管是输入file，还是输出file，都会被保存在project中。这好像特别像分析色谱数据的软件哦！似曾相识呢！

2、 搞清楚这个问题后。让我们开始准备数据吧。对于微卫星数据而言，只需要按个体依次输入等位基因就可以了。但这里需要注意，区分种群的方法是在个体名称定义上标注。比如说WHBC种群，我们可以定义为AA_WHBC1，AA_WHBC2，……AA_WHBC51,这里AA就是区分种群的标识。同理可以用AB来标示另外一个种群。注意标示种群的仅认可前两个字符。可以通过microsatellite tool kit的2 COL数据来准备数据，然后复制粘贴到txt文档中，保存即可。

3、 这时候打开Coancestry软件，file----new project,弹出一个对话框，如图1，输入project name,这里随便命个名为，microsatellite for relatedness,然后选择empirical data,点击OK。这时候，回到Coancestry软件安装的盘符，就发现多了一个刚才新建的文件夹，名字为microsatellite for relatedness。如图2.

图1

图2

4，上步点击OK后，出现如图3的对话框，这时候依此从genotype,allele frequencies,和parameters项目进行操作。首先载入刚才创建的.txt文档（即基因型文档），载入后，按check genotype data。然后按allele frequencies，这时候有两个选择，已知等位基因频率和未知等位基因频率。直接点击未知等位基因频率项，然后calculate frequency.然后check一下就可以进行下一项即parameters项，我通常是全选的。然后选择account for inbreeding。所有完成之后，点击check and save.

图3

5,上步完成之后，细心点就会发现菜单栏上的Run,view results,view parameters等不再是灰暗的，是黑亮了，表明这些可以用了。至此，数据导入软件的过程结束了。

6，点击Run------start running,就会发现进度条,如图4。当然对于数据量大的问题，软件说明中已有介绍，需要才用DOS系统，这里不再赘述了。

图4

7，运行结束后。你会发现microsatellite for relatedness文件夹里多了许多txt文档，其实都是一些输出结果。这时候可以直接microsatellite for relatedness文件夹里，打开这些txt文档，采集有用的信息；也可以直接在软件菜单栏中的view results中查看结果，并且能够做一些散点图（需要事先安装Dplot绘图软件）。

8，基本上就这些了。剩余的就得自己修炼了。