时光来到1778年，Connor因之前与Achilles吵架的事道歉，并且对Achilles谈起想与圣殿骑士联手的事情。Achilles立刻明白过来Connor与Kenway见过面了，为Connor的幼稚感到生气，却阻止不了Connor去见Kenway，只能失落地看着他离开的背影。

　　前往纽约，在城墙边找到Kenway，此时Kenway正从情报官获取政府军的情报。但是Kenway还想获得更加重要的信息，于是拉着前来找他的 Connor一起去“想办法”从政府军的高级军官口中套出些话来，跟随Kenway飞檐走壁来到军官们聚会的地方。可是由于距离太远无法偷听到他们的对话，在Connor还在考虑如何窃取情报的时候，Kenway已经远远跳下和政府军战斗了起来。任务需要消灭掉所有头上有红圈的士兵，有黄圈的军官是不能杀的，首先站在平台上的时候就能找到站在一起的士兵按下X进行一轮空降杀(没杀到人掉到地面会掉二分之一的HP)军官会进行射击，当他们头上的黄色倒三角接近满的时候，要按住A拉旁边的敌人来挡子弹，完美完成任务需要用两个敌人为自己挡下子弹。消灭掉所有士兵后，成功捕获三个军官。

　　在Kenway将他们绑起来的时候，最靠近街道的军官拔腿就跑。Kenway命令Connor去追，迫于父亲的威严只好追上去执行自己的任务。这个军官会在一个院子里绕着跑一圈，不用管他直接到爬到院子房顶，等他接近时候瞄准他按下方向键和B键把他压在身下。要在他跑到警卫站之前要把他抓住，LT副手武器中有绳索武器，瞄准后按住B然后用左摇杆也能拖到身边，是追逐战的***。如果有士兵或者市民挡路，在距离士兵两个身位的地方按A跳往他身边，冲力会把他逼到一边并且不算推挤(许多追逐任务完美达成条件之一)，太接近的话会被士兵推倒在地增加追逐难度，游戏中多次追逐是很正常的。

　　把抓到的军官带到老爸的军营，用枪指着他，如果他不走就要走到他背后按B键推他，他就会走几步，再停下来就再推。带到拷问室内，军官告诉Kenway与 Connor英军正在从费城撤离调往纽约。Connor决定前往纽约告诉华盛顿这消息。在纽约军营外，看到等他已久的Kenway，Kenway对 Connor说重要的消息应该告诉查尔斯而不是华盛顿。Kenway对查尔斯的信任以及他多次当着自己面杀那些自认为无辜的人的行为终于让Connor愤怒了，Connor让Kenway别浪费时间，二人前往帐篷见到正在看信件的华盛顿，Connor将军情告诉华盛顿的时候，Kenway却从一边摸进了帐篷拿起信看了起来。

　　*送张偶然截到的美图*

　　Kenway揭露了华盛顿阴险的一面，华盛顿因为有情报提及Connor的部落有为英军工作的人，就决定派遣部队烧毁他们的村庄以阻止他们的叛国行为。Kenway嘲笑华盛顿，并且提起他在七年战争中扮演的角色。他们肆无忌惮地在Connor面前像谈论棋子一样谈论Connor的族人，Connor体会到Achilles提到的政治险恶，愤怒之下让他们俩都闭嘴，Kenway想安慰Connor，Connor为父亲的所作所为伤透了心，决定断绝父子关系。并且警告他们无论是谁，只要敢伤害自己的族人，一定会以刺客的身份让他们明白“代价”的意义。

　　驱马离开营地，华盛顿的信使已经在前往发布命令的路上，并且就在绿色区域的山道上。在这里需要提一下，如果没有得到警报，第一个信使与第三个信使(即最开始与最后的两个信使)是不会跑的，中间的信使有两个护卫。所以建议是驱马前往绿色山道，见到第一个信使后开枪打死后立刻绕路离开绿色区域，通过按下左边的选择键打开大地图后，绕着非任务区域到任务绿色区域尽头有红色区域交界的地方，再反向杀回去，把靠近前线的信使打死后再骑马返回去杀中间路段的信使。在绕路的时候尽量避开中路，因为一旦小地图上出现红圈后，红圈从小地图上消失的时候任务失败，红圈正是信使，没靠近前是不会标记出来的。唯一能确定地是他们都在绿色区域的山道上。

　　确认信使死亡了，现在急着回村落确认族人的安全。见到长老，长老告诉Connor，查尔斯拉着他的童年伙伴和几个勇士前去阻止外人的入侵了。 Connor刚刚才阻止了华盛顿那边的活动，这边却在查尔斯的煽动下以卵击石。Connor必须去阻止他们。一共有6个勇士在靠近红色区域，要在他们到达红色区域前把他们都按在地上，Connor只能用拳头，但是好在勇士们是不会防着背后的。按着小地图显示的位置优先追最前面的勇士，如果全部要利用偷袭弄倒有点难处的话，可以与拉着勇士的仇恨去树边，他有刀而主角只有拳头是正面打不过的，但是主角从树上落下的攻击是能成功打晕勇士的。

　　见到了好友，然而却再也找不到最初自己带着胖胖的他打猎，最后他带着自己抓回的野兔笑着说：”I have a good teacher"的温馨了。查尔斯对印第安男孩说Connor背叛了他们，这次是要帮助美军摧毁他们自己的部落，美军在村子不远处建立的要塞正是最好的罪证(原始部落的人太单纯)。在交战中，Connor无奈只能杀掉好友。在死前的对话中，那个男孩的梦想和Connor不同，他并不在乎国家在谁的手里，他只要部落人民的安全。Connor握着他的手，为部落存亡奉献而忙碌一生的男孩，此时终于可以好好休息了。

　　告别部落，他来到美军阵营前，见到了因为粗心的把防线弄反了的指挥官。得到指挥官的亲信部队，利用大炮的射击减慢英军前进的脚步为他们争取时间。大炮的射击与一般射击游戏不同，不是反向调整射击角度与距离，而是正向移动光标到头上出现红圈时候的英军位置按下LT发射的。在亲信部队的人死光前坚守3分钟阵地即可胜利。

　　三分钟后撤退，撤退途中会遇到英军在执行枪决，只要撞开英军打乱他们的阵形即可，无需和他们战斗，因为Connor自己也很赶时间，要在三分钟内赶到战线。在临时战线后方，见到了华盛顿，华盛顿表示与查尔斯结盟共同对抗外敌了。Connor让华盛顿自己注意点查尔斯，并且，这是最后一次自己帮助他。查尔斯，从童年那场烧死母亲的大火开始，就出现在Connor心中必死的名单之上。

　　Desmond被唤醒，被告知老爸被Abstergo公司给抓了。大家都明白这是陷阱，但是毕竟是自己的老爸，怎么能因为是陷阱就不去。三人出发，前往意大利。

　　到达Abstergo公司，警卫要求搜身，直接被Desmond用袖刀杀光--现实世界的战斗简单多了，会用冷兵器的人很少。消灭警卫后进入电梯，电梯到四楼就停下来了，接下来需要打开电梯上方的盖子爬到顶楼，遇到警卫直接动手杀就是。

　　在顶楼的一个实验室内遇到了之前的抢劫者，被逼到角落的时候突然他抓狂了。追踪他来到大*厅，先把楼下的警卫全部解决掉，他会在转弯处等自己。追上后直接用袖剑杀掉，可以得到枪械和电梯的钥匙。

　　通过电梯来到关押着自己老爸的办公室前，把这一层的全部警卫都杀掉后，会有机器提示“不要再杀人了，让你进来就是”。办公室门打开，见到科学家一行人，他们要求Desmond交出金苹果，Desmond掏出金苹果并且利用金苹果的力量杀掉了办公室的所有人。

　　救出老爸后，来到大楼出口，举起金苹果大摇大摆走出大厦。警卫无一能动弹，是不是要杀掉玩家自己决定就行。看的出通过体验祖先的过去，Desmond改变了许多。